Die kleinen Inseln Koufonissia zusammen mit der noch größeren Insel Keros formen eine Gruppe im Herzen des Ägäischen Meeres und befinden sich nordöstlich von Naxos und westlich von Amorgos. Das Ano („Oberes“) Koufonissi ist die einzige bewohnte Insel mit einer Gesamtfläche von 3,8 km² und ca. 300 ständigen Einwohnern, die sich hauptsächlich mit der Fischerei und der sanften touristischen Entwicklung, besonders während der Sommermonate, beschäftigen. Chora, die einzige Siedlung der Insel, hat sich trotz des steigenden touristischen Verkehrs in den letzten Jahren kaum geändert; dort stehen dem Besucher Fremdenzimmer, einige kleine Hotels, Tavernen und traditionelle Cafés zur Verfügung. Das Kato („Unteres“) Koufonissi, etwas größer mit 4,5 km², ist fast unbewohnt und kann nur während der Sommermonate durch den täglichen Schiffsverkehr besucht werden. Die einzige Sehenswürdigkeit ist die Panagia-Kirche, gebaut auf antiken Ruinen, die am 15. August das Fest Mariä Himmelfahrt feiert. Die Strecke vom Hafen bis zur Kirche dauert zu Fuß ca. 15 bis 30 Minuten.
Einzigartig bleibt die natürliche Umgebung der Insel mit dem kristallklaren Wasser und den wunderschönen Stränden, u.a. Foinikas (oder Charokopou), Fanos, Platia Pounta (oder „Italienerin“) und Pori. Die außergewöhnliche geologische Form des natürlichen geschlossenen Golfs, welcher auch als privates Schwimmbad genutzt wird, und die „ammothines“, kleine Sandhügel mit seltenen Seeblumen, zählen zu den wichtigsten Attraktionen.
Obwohl Keros (15,2 km²) noch heute unbesiedelt ist, wurde die Insel dank Ausgrabungen als eines der wichtigsten Zentren der ersten Kykladen Ära II (2800-2300 v. Chr.) entdeckt, und seitdem gilt die Insel als geschützter archäologischer Raum. Der sogenannte „Schatz von Keros“ besteht aus einer breiten Sammlung von ganzen oder zerbrochenen (manchmal absichtlich) Marmoridolen, Ritualgegenständen und Steinwerkzeugen. Die Mehrheit davon wird im Museum für Kykladische Kunst und im Archäologischen Nationalmuseum in Athen ausgestellt. Die bekanntesten Idole der Region sind der Flöten- und der Harfenspieler. Diese Funde verstärken die Annahme, Keros sei die heilige Insel der Kykladen, und sie galt als „Eingang zur Unterwelt“.